学院设有水利水电工程、农业水利工程、土木工程、工程管理、水文与水资源工程、水土保持与荒漠化防治、农业建筑环境与能源工程7个本科专业，其中水利水电工程专业和土木工程专业为第一批次招生专业。学院有水利水电工程和工程水文及水利水能规划2个自治区级教学团队，《工程水文学》和《水力学》2门自治区精品课程，干旱区水利工程自治区级实验教学示范中心，姜卉芳教授和邱秀云教授2名自治区教学名师。教研项目“实践育人，把论文写到天山南北”获自治区高等教育教学成果一等奖。主编了《水利工程施工》、《地下水利用》、《工程地质与水文地质》等15部教材。近5年来，学院组织参加了国家和自治区各类大学生竞赛，获奖40余人次，其中水工08级学生惠康、李梦泽在全国第二届大学生水利创新设计大赛中获特等奖。学院有20余名学生获国家奖学金、600余名学生获国家励志奖学金、6名学生获张光斗奖学金、90余名学生获中粮奖学金。学院与额尔齐斯河建设管理局、新疆水利水电科学研究院等单位签订了合作协议，建立了14个大学生实习基地，为提高本科生专业视野和实践能力提供了保障。
