新疆农业大学水利与土木工程学院的前身是创建于1952年8月1日的八一农学院水利系。1995年4月21日，学校更名为新疆农业大学，水利系更名为水利与土木工程分院。1998年12月7日，更名为水利与土木工程学院。
艰难的创建（1952-1955）
1952年水利系成立，同年水利土壤改良专业（后改为农田水利专业）开始招收第一批本科生38人及专修科学生52人。1953年9月水利系成立水工、农水、力学3个教研组，并设物理组和数学组（1978年调到基础部）。面对艰难的办学条件，师生们自力更生，创造教学条件，于1955年建成水利楼。当时，师资紧缺，一名教师承担几门课的教学任务，同时还请科学院、水利厅、军区工程处的工程师讲授部分课程，由于教材匮乏，教师们还自编自刻授课教材。水利系每年招一到两个班。水利系第一任主任聘请水利专家王鹤亭兼任，梅成章副教授为副主任，并主持系务工作。
正规化建设时期（1956-1966）
1956年至1966年，水利系设有水工（含水力学、地质）、施工（含水电站、土力学）、农水（含水泵站、水文、地下水）、测量、力学、物理和数学7个教研室。教师从40多人发展到80多人。培养毕业生322人，其中本科221人。1956年参加全国统一招生，招收了内地的应届高中毕业生。农田水利工程专业学制改为五年。
在师资培养方面，水利系采用派教师到内地高校培养、广泛开展读书报告、学术报告等方式，提高教师专业水平。教学上，在教师中广泛开展教学法的研究工作，教师们自制教学挂图、模型、教具，提高了课堂教学水平，使教学工作逐渐走向正规。在科研上，1960-1966年先后完成了多项科研工作，如乌拉泊水库大坝渗流分析、开都河改道工程引水枢纽泄洪闸下游冲刷断面模型、铁门关电站隧洞水力学模型试验研究等；1966年完成了《一类在内部发生蜕变的椭圆形方程的狄里赫利问题》、《叶尔羌河大桥桥渡冲刷》、《沙井子盐碱地改良试验研究》等论著。同时，结合生产实际，完成了凿井技术、地下水盐动态、地面灌水技术、地下渠道灌溉等生产课题。
文革时期（1966-1976）
文革期间，1972年至1976年共招收了5个班150余人，为培养少数民族建设人才，水利系先后招收了3个少数民族班。在此期间，为适应当时教学的需要，广大教师编写了多门课程的教材；为提高学生实践能力，开始组织学生赴内地主要水利水电工程进行教学实习；面向社会，对疆内基层水利人员进行了多次分批分期的培训；结合工农兵学员的教学，先后完成了吉布库水库设计、精河大河沿水电站设计等生产任务。
为满足正常教学和科研生产发展的需要，1975年以后，广大水利系教师发挥自力更生艰苦奋斗的精神，对在文革期间遭到严重破坏的各实验室，进行了恢复、改建和扩建。在此基础上，在水工、农水、地下水、水文、力学等方面取得了一批成果，如：哈密石城子水库浆砌石拱坝有限元分析、精河县大河沿子一、二级电站扩大初步设计、红雁池电厂退水管的整体模型试验研究、三屯河水库筑坝材料研究、沥青混凝土工程性质的研究、苜蓿沟水库防渗技术研究、新疆区域暴雨等值线图的编制、呼图壁水源地的规划与建设、喷灌技术研究、水盐动态研究等工作。编辑出版了《八农水利》不定期刊物，与国内百余家水利水电单位进行了资料交流。
改革开放发展时期（1977-1985）
文革结束后，系里组织全体教师自力更生，对严重破坏、无法进行教学和试验的实验室进行了恢复性建设。为了建设一批高质量的师资队伍，先后派遣了大量教师到内地进修提高，并且在高年级学生中，选拔了一批学生到内地委培学习或攻读硕士学位，为日后的发展奠定了坚实的师资基础。在此期间，加强了少数民族教师的培养，先后派出十余人到内地或出国进修。
1977年恢复高考后，农田水利专业（本科）开始了文革后的首次招生；1978年水利水电工程建筑专业（本科）开始招生。为满足新疆水利对人才的需求，水利系扩大了招生规模，1977年招收2个班，1978年招收4个班，通过高考，生源质量大幅提高，教师的工作积极性空前高涨，教师们认真地传道、授业、解惑，使得毕业生的水平也有较大提升。到1985年5月，在校生达到636人，本科生499人，函授等专科137人。
1980年农田水利工程专业开始招收第一批硕士研究生，如高尔基，他于1983年获得了武汉水利水电学院授予的硕士研究生学位，他也是农大第一个获得该学位的学生。1980年，在我校水利和农机专业首次开设了电子计算机课程，1985年，水利系率先在院里组建了电子计算机室，成为校内最早应用计算机的单位，为师资水平和教学质量的提高奠定了物质基础。
恢复和新建水电专业齐全的实验室，包括水工水力学实验室、农田水利实验室、土力学实验室、建筑材料实验室、力学实验室、水轮机及水泵实验室6个实验室和1个完备的资料室。1984年成立了水利水电设计研究所。引进了大型三轴仪等一批先进的实验仪器设备。为解决教学用房的稀缺问题，我系自筹资金建设了600多平米的实验和教学用房，保证了教学的需要。
为解决基础课程师资不足的矛盾，特别招收了一个数理研究班，培养了大量数学、物理教师。
为满足水利水电发展的需要，扩大了招生，先后招收了工程地质及水文地质、工程测量、水利经济、农业建筑与环境工程、水工、农田水利等专业的400余人。及时向社会输送了大批水利科技干部到生产第一线，其中，许多人后来成为自治区及水利战线的各级领导和技术骨干。
1979年，为适应新疆水利事业的发展，水利系扩大了少数民族学生的招生规模，培养了一大批少数民族干部、教师及专业技术人员，这些人员中的一些人成为了新疆水利战线上的骨干。
科研上，在水工方面完成的柯柯亚水库混凝土面板砂砾石坝（我国第一座混凝土面板堆石坝）和沥青混凝土应力应变研究项目，分别获得自治区科技进步二、三等奖。在灌溉技术方面进行的喷滴灌技术研究对推动自治区节水灌溉技术研究起到了良好的作用。
全面发展时期（1986-2002）
1986年，学院有水工、农水、力学、水电站、水力学、岩土及建材、测量、地下水8个教研室。由于前期的师资培养，大量选派培养的人员走上教师岗位，师资队伍实现了正规化。教师人数最高达到150余人。在教学上，对课堂教学加强了管理，强化了考试的教学环节，促进了教师的教学质量提高。这一时期学院学生规模得到了大幅度的增长，2002年10月，在校学生总数1599人，其中，本科生1261人，硕博研究生29人，高职等专科309人，少数民族学生428人。
学科发展历程：
1986年，农田水利工程学科获得硕士学位授予权。
1992年，水利水电工程专业被批准为自治区首批十个重点学科之一。
1993年，水文学及水资源工程硕士点获得批准。
1996年，水力学及河流动力学硕士点获得批准。
1997年，农田水利工程硕士点被调整为水利水电工程硕士点。
2000年，学院获得水利水电工程博士学位授予权。
2001年，学院开始招收博士研究生。
专业建设与发展情况：
1993年，学院在成功举办三届农业建筑与环境工程专科班基础上，向国家教委申请农业建筑与环境工程本科专业，获得批准，并于1994年开始招收该专业本科生。
根据新疆人才市场的需求，学院于1994年开办城镇建设专科专业，并向国家教委申报该本科专业，1995年获得批准，1997年开始招收本科生，1998年全国高校专业归并调整后，改为土木工程专业。同年，水利水电工程建筑专业调整为水利水电工程专业，农田水利工程专业调整为农业水利工程专业，农业建筑与环境工程专业调整为农业建筑环境与能源工程专业。
科研情况：
完成国家级课题11项，省部级课题23项，生产性课题100多项，其中40多项获地区级以上奖励。发表论文490余篇，学术著作11部。
大发展时期（2002- ）
2002年，学院有测量、农业水利、地下水、水工、水力学、固体力学、建筑材料、建筑学、建筑结构9个教研室，水工及水力学、固体力学、灌溉与排水、建筑材料、岩土工程、水文水资源、测量仪器室、多媒体计算机室8个实验室。有教职工87人，其中教授10人，副教授33人，具有博士学位者3人，具有硕士学位及同等学历者28人。
本科专业发展情况：
2003年，工程管理（水利水电工程管理方向）、水土保持与荒漠化防治两个本科专业获国家教育部批准，2004年工程管理专业开始招生。2008年，经自治区批准，水利水电工程专业开始本科一批次招生，2009年，经自治区批准，土木工程专业开始本科一批次招生。2010年，水文与水资源工程本科专业获国家教育部批准并于当年开始招生。
学科发展情况：
2003年，水工结构工程、农业水土工程硕士点获得批准，同年获得水利工程硕士专业学位授予权。
2005年，水利水电工程专业被批准为自治区优势专业。
2007年，水利工程学科博士后流动站获得教育部批准。
2007年，水利水电工程专业被列为自治区重点产业紧缺人才专业。
2008年，水利水电工程学科被评为国家重点（培育）学科。
2008年，水利水电工程教学团队获自治区优秀教学团队。
2010年，工程水文及水利水能规划教学团队获自治区优秀教学团队。
2010年，水利水电工程专业获批为第六批国家高等学校特色专业建设点。
科研方面，启动了混凝土面板堆石坝、沥青混凝土研究、高性能混凝土及混凝土研究、砂砾石筑坝材料工程性能研究、水工防渗技术研究、干旱地区水资源综合利用研究、干旱内陆地区水文水资源研究、农田灌溉技术研究、水盐动态运动规律研究等一大批科研项目。获得了一系列科研成果和奖项。
在学院的教学科研实力不断增强的同时，水利师生锐意进取，追求卓越，使学院的党政和学生工作也蓬勃向上，迅猛发展，尤其是在学生工作方面，取得了丰硕的成果和多项荣誉与奖项，在各类考核考评中，走在了全校的前列。